從他傳位皇太孫朱允炆開始，上臺就開始削藩，首先就推翻了朱元璋制定的制度，逼得燕王朱棣選擇造反一條路。
朱棣造反成功后，不顧《皇明祖訓》里的規定，對齊泰、黃子澄、方孝孺等一大批忠于建文朝廷的文臣武將用盡極刑，嚴重違背了朱元璋訂下的祖訓“禁用酷刑”的規定。
朱元璋訂下了嚴格的祖訓，但是他的子孫就沒幾個遵守的，究其根本，只不過是朱元璋上梁不正，下梁就歪。
朱元璋自己本就是殺伐果斷的典型，凌遲處死的胡惟庸，剝皮萱草的藍玉在生前也都有著功績，但是他并未按照自己制定的制度來做。
特別是在選擇皇太孫朱允炆繼承皇位一事上，是完完全全欠缺考慮，因為朱允炆要是按照祖訓中制定的繼承制度，他是無論如何也輪不到這個位置的。
就是這么一個一開始就淪為廢紙的東西，卻一直都是明朝皇帝頭上的一道枷鎖官員們動不動就用《皇明祖訓》來指導皇帝的作為。
而大明朝的皇帝們對此也心知肚明，可是卻無力反駁，
當然，對于強勢的君王來說，祖制也就是那么回事，要改也會想盡辦法修改，就比如嘉靖皇帝就曲線救國，偷偷改動了一些制度。
之后，更是對百官的進諫視而不見，最后連朝會都不開了，大家眼不見為凈。
而到了隆慶皇帝這里，改動“禁海”祖制，自然只能是和百官協商，想辦法通過。
強行推動，很難，容易激起官員們更強硬的反擊，甚至旨意被內閣駁回，因為內閣最重要的首輔和次輔都不敢公開表態支持開海。
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