澎湖巡檢司不但是澎湖群島的首次行政區劃，也是臺灣地區的首次官署設置，但臺灣本島并未在內，擊敗元朝取得政權的明王朝仍依循前例于澎湖設置該官署。
不過，由于倭寇出沒，臺澎地處海隅，時常遭遇倭寇襲擊，運輸輜重的貨船也時常遭到搶掠，明政府遂采取堅壁清野政策，于1384年實施封海政策，予以廢除。
巡檢司是中國元明清時期縣級衙門底下的基層組織，該組織于元朝創造時，通常為管轄人煙稀少地方的非常設組織，除了無行政裁量權之外，也沒有常設主官管，而且沒有什么軍事力量。
明朝依其例沿用，不過左以行政權力。
不過也因為巡檢司的建立，對列島及周邊海域實施管理，澎湖列島也就此納入中國版圖。
近兩千倭寇搭乘大批倭船逃離大陸，明軍水師自然還是發覺了情況，只是此時天色昏暗，明軍水師攜帶的強大的火器無法發揮出足夠的力量，雖然成功攔截了部分倭船，可依舊有大批倭寇乘亂沖出明軍水師的包圍，隨即揚帆而去。
清晨的時候，水師昨晚遇敵的消息傳到明軍軍營中，俞大猷得知昨夜有倭船逃離，也是大驚失色。
這幾天確實疏忽了，忘記了這兩天風向有變。
若是在之前兩天，倭寇船隊絕跡不可能往外海沖的，自己的排兵布陣出現了紕漏。
不過還好，營中將領看得出來的還真沒有。
別看戚繼光是山東登州衛的世襲指揮，可登州衛不是登來水師，也是以陸戰為主的衛所，頂天就是有幾條漁船，自然對水戰也是毫無了解的。
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