經過長期流傳，元代白蓮教的組織和教義都起了變化，戒律松懈，宗派林立。
一部分教派崇奉彌勒佛，宣揚“彌勒下生”這一本屬彌勒凈土法門的宗教讖言，有的教徒夜聚明散，集眾滋事，間或武裝反抗元廷統治。
至大元年，朝廷忌白蓮教勢力過大，下令禁止，故當元末社會矛盾激化時，一些白蓮教組織成為率先反元的力量。
紅巾起義領導人韓山童、劉福通、徐壽輝、鄒普勝等都是白蓮教徒，他們以明王出世和彌勒下生的讖言鼓動群眾，產生很大影響。
而朱元璋爭奪天下的力量，一部分也來自于投靠的白蓮教徒，所以也有傳說起本人也是白蓮教徒之一，只不過在皇位和教會之間，他選擇了皇位。
不過也因此，朱元璋對于白蓮教巨大的能量是忌憚不已，所以明初朝廷一直嚴禁白蓮教傳播。
洪武、永樂年間，川鄂贛魯等地多次發生白蓮教徒武裝暴動，有的還建號稱帝，均被鎮壓。
明朝中期以后，白蓮教也逐漸發生變化，不斷用新的名字混淆視聽，躲避官府追查。
這一時間里，白蓮教教名目繁多，有金禪、無為、龍華、悟空、還源、圓頓、弘陽、彌勒、凈空、大成、三陽、混源、聞香、羅道等數十種，有的一教數名。
它們各不相屬，教義頗多歧異，組織、儀軌和活動方式也不盡相同，但或多或少地帶有白蓮教的印記。
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