當夜，幾名倭寇奸細就殺死身旁的其他明軍士卒，引倭寇在北門城墻上架云梯入城后，快速攻占北城門，當城門洞開之時，興化府陷落已成必然。
數千倭寇入城之后，很快就擊潰救援明軍，副使翁時器、參將畢高和通判李邦光得聞府城失陷后，越城而逃。
占領興化府城后，倭寇燒殺搶掠，府城百姓哀鴻遍野。
劉顯接到哨探回報后，只得匆忙提兵救援興化府，但他們趕到的時候依舊遲了，府城已經被倭寇擊破，但此時劉顯兵力不足，難以攻城，只得接應城中逃出官員、百姓后無耐退守。
興化府城被破之后，倭寇屠戮百姓，“賊分守城門，吏民無得脫者”，將“全城焚毀殆盡”，“歷六十余日，賊以城中腥穢不堪，乃趨平海”。
署知府奚世亮，莆田知縣葉時蘭，縣學訓導盧堯左，指揮張遠，魯師亮，千戶張應望皆被倭寇擊殺，進士死十七人，舉人數十人，秀才數百人，平民百姓不計其數，僅是林兆恩收埋全尸就有三千余人，火化更是達到兩萬余人。
興化府新任知府易道潭“聞積尸盈野，竟駐車福清，不敢位任”，直到林兆恩收尸灑道，才敢入城。
興化府失陷的消息，由劉顯和逃出的翁時器分別上報福建巡撫游震得和總督張臬。
得知府城陷落后，巡撫游震得急忙調集福州明軍南下救援興化府，而總督張臬也是震驚無以復加，只得匆匆下令，命剛回到南贛的副總兵俞大猷率兵救援興化府。
游震得從福州調集官軍南下的消息自然瞞不過福建官場，即便他有心隱瞞消息，希望能夠在收復興化府后，再以春秋筆法遮掩過失。
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