對付倭寇、海盜，俞大猷自然是以圍剿為主，奉行狠辣手段予以殲滅，而對藍松三、伍端等人的作亂，俞大猷選擇首先招撫，招撫不成才出兵圍剿。
俞大猷之前有招降這些少數民族部落的經驗，而后又多次殲滅倭寇，很有威名，于是俞大猷單槍匹馬去招降程紹錄，又讓程紹錄勸梁道輝歸降。
惠州參將謝敕與伍端等交戰，打不贏，就說“俞家軍”來了，伍端等首領趕忙逃回山寨不敢戰。
不久，俞大猷果真來到惠州，將溫七擒獲。
伍端見溫七被擒，于是負荊請罪來俞大猷軍中，請求攻打倭寇開彌補自己的過失。
解除內患后，俞大猷又全力剿倭，以招撫的伍端等為前鋒，先后剿滅鄒塘、崎沙、甲子等處倭寇，倭寇僥幸脫險的二千多人則退守海豐金錫都。
俞大猷率軍將其包圍兩個月，倭寇糧食斷絕，打算逃走，卻被副將湯克寬設伏兵擊敗，手刃倭寇首領三人，參將王詔等人隨后趕到，將倭寇全部剿滅。
于是俞大猷率部轉移到潮州，又將藍松三、葉丹樓、吳平等山賊招降。
此時海盜首領吳平在南澳筑城造反，造船幾百艘，聚眾一萬多人，劫掠濱海諸郡。
廣東俞大猷遂與福建戚繼光合作，俞大猷率領水軍，戚繼光率領陸軍，二人夾擊南澳，大破吳平海盜，吳平只身前往鳳凰山老巢。
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