到嘉靖三十六年，被起用任南京國子監司業，兩年后又請求辭官養病，直至嘉靖四十三年閏二月才被恢復原職。
五月，升任左春坊左諭德，掌理南京翰林院事，十月，陸樹聲被召回京師，仍在左春坊，兼翰林院侍讀，管理誥敕，但他不赴任，依舊滯留南京。
一年后，也就是嘉靖四十四年十月，陸樹聲被啟用為太常寺卿，兼管南京國子監祭酒事，他嚴格學規，撰寫十二條教規，以激勵諸生。
此時也是徐階主政的時期，自然對他這個老鄉多有關照，知道他不愿摻和朝堂之事，所以就又安排他南京的職位，這次陸樹聲倒是很樂意的赴任了。
嘉靖四十五年十一月，徐階想要開始為他的退休生活做準備，又開始謀劃，不僅是大肆提拔張居正，也把目光看向了他的這個老鄉，朝廷升陸樹聲為吏部右侍郎，但他再次稱病不上任。
也不知是真的不愿意離鄉背井還是四九城的水養不活他，反正陸樹聲就是不愿來北京做官了。
隆慶元年初，朝廷再次起用陸樹聲為吏部右侍郎，他于三月上疏推辭，未獲允準，隆慶皇帝還令其參與《明世宗實錄》的編修，擔任副總裁，但陸樹聲仍稱病求退，最終在同年四月獲準回籍調理。
隆慶二年三月，陸樹聲仍被起用為吏部右侍郎，但他再度稱病，自陳不能赴任，并請求休致，未獲允準。
到了次年四月，在其一再請求下，隆慶皇帝只得批準其回籍調治，其實這一年的時間里，陸樹聲壓根就沒有來北京城，一直都待在老家不動彈。
隆慶皇帝的旨意，其實更多還是在給自己找補面子。
一個臣子都召不回來，像什么？
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