然而嘉靖、隆慶之際，南倭北虜交侵，逢邊疆多事之秋，邊務(wù)冗雜難測(cè)，兵部此種舊人事編制難以處理繁多冗雜的邊疆政務(wù)，無法適應(yīng)復(fù)雜的邊疆局勢(shì)。
由此，高拱建議改兵部“一尚書二侍郎”為“一尚書四侍郎”。
“又以時(shí)方擾邊事，請(qǐng)?jiān)鲋帽渴汤桑詢?chǔ)總督之選。由侍郎而總督，由總督而本兵，中外更番，邊才自裕。”
高拱強(qiáng)調(diào)兵部尚書之職關(guān)系王朝之安危，近二三十年來正逢邊疆多事，在此兵部體制下，如果邊方總督缺任，則兵部侍郎頂缺，倘若兵部侍郎難以脫身，則會(huì)以別部人員代替赴任。
如此往往拆東墻而補(bǔ)西墻，嚴(yán)重限制了兵部職能的有效發(fā)揮。
首先，高拱看到當(dāng)時(shí)兵部嚴(yán)重受限于明初的“一尚書二侍郎”局面，侍郎員額太少，左、右侍郎主要協(xié)助尚書處理兵部事務(wù)，公務(wù)繁忙，一旦抽調(diào)外差，兵部事務(wù)的處理便難以得到保證。
其次，侍郎職責(zé)在于協(xié)理部事，對(duì)邊地情況缺乏了解，很難為兵部對(duì)邊地之事的謀劃與決策提供建議。
最后，兵部承擔(dān)巡閱邊務(wù)的職責(zé)，但由于侍郎太少，臨事一般多借調(diào)他官，往往因非其職而就其位，不悉邊事，影響對(duì)邊事的有效處理，或因路途遙遠(yuǎn)不能及時(shí)履職，從而貽誤事機(jī)。
基于以上弊端，高拱向隆慶皇帝提出了具有針對(duì)性的改革建議，改兵部編制為“一尚書四侍郎”。
高拱認(rèn)為，新添侍郎既可在部內(nèi)任職，又可巡視邊務(wù)。
換句話說就是增加兩個(gè)實(shí)職侍郎機(jī)動(dòng)，平時(shí)在部里協(xié)助辦公，無事則巡視邊防，若有總督空缺，朝廷短時(shí)間找不到合適人補(bǔ)上，則由侍郎充任，這樣也不會(huì)影響兵部運(yùn)作。
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