朱翊鈞已經看完了薄薄的明穆宗實錄，他對高拱的政績是不認可的。
隆慶元年，以高拱為首的晉黨和以徐階為首的徐黨，在朝中進行了激烈的黨爭和傾軋，高拱被抓到了把柄，最后在隆慶元年五月，被言官給彈劾倒臺，被迫致仕回鄉。
高拱之所以倒臺，和隆慶元年的胡應嘉案有關。
隆慶皇帝剛剛登基的第一年，考察庶官，吏部尚書楊博，負責考察京官，貶斥言官鄭欽、胡惟新，吏科給事中胡應嘉對楊博發出了質詢：為何在正月的考核里，山西人無考核下等者？彈劾楊博考察官吏不公，上下其手，營私舞弊。
高拱認為胡應嘉是黨同妄奏，擬旨斥為民，這一下子引起了言官們的激烈反彈。
五個月內，廣東道試御史齊康、南京吏科給事中岑用賓、湖廣道御史尹校、兵科都給事中歐陽一敬、南京廣東道御史李復聘、工科給事中李貞元等等數十人接連上奏彈劾，高拱只能反復上奏請求致仕。
隆慶元年五月，高拱致仕回鄉。
高拱之所以倒臺，是因為吏部尚書楊博，曲庇鄉里、包庇山西籍貫的官吏，以私憤謫諸官，黨同排異，高拱回護。
高拱被罵為國之巨蠹，大明朝的蔡京，在政斗中，恥辱的離開了京堂。
這是在政斗的方面，高拱的狗斗術遠不如徐階，更遑論張居正了，張居正活著的時候，這些文官誰能斗得過張居正？
徐階最后也被掀翻了，罪名是尸位素餐奉職無狀，嘉靖年間，皇帝事神仙土木，而徐階作為輔臣，不能責難陳善也就罷了，還多數贊同，還讓兒子徐璠主持永壽宮之事；徐階和嚴嵩締交連姻，徐階更是十五年時間內，無一言相忤嚴嵩，等到嚴嵩倒臺徐階立刻攻訐，為人臣不忠、與人交不信。
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