雖然戶部可以監管大部分衙門的收入，可是因為工部、兵部、太仆寺擁有獨立的財源，收支自成系統，不受戶部的管理干涉。
工部財政主要來自于坐派各地的工料折銀以及竹木抽分收入；兵部收入主要為在京官員的柴薪、直堂銀，收儲在兵部武庫司，由兵部發放給在京官員；太仆寺收入主要為各地的俵馬折銀而來的馬價銀。
而內府、光祿寺的財政收入則主要由戶部、工部負責管理，但其開支卻不受戶部管理制約。
其中太仆寺是所有衙門里收入最豐厚的，也是墊資最多的部門，畢竟你衙門里就那么大的消耗，每年都會產生大量的財政結余，然后被皇帝和其他衙門用各種理由借走，而后果就是明朝邊軍沒有足夠的馬匹可用。
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太仆寺是明代負責馬政畜牧的機構，因此太仆寺掌握的重要財政資源就是馬戶，草場，馬匹等大量的馬政資源。
弘治年間的統計，太仆寺掌握的養馬人丁超過了六十八萬，而田地則超過了十六萬頃。
由于中原王朝一直以來深受草原部落的侵擾，因此馬政屬軍國大政，備受歷代統治者重視，朱元章就曾說過：“馬政國之所重。”
那么太仆寺作為專管馬政的機構怎么會轉變成財政管理機構，又是怎么變成明朝最有錢的一個部門的呢？
明朝實行兩都制，因此太仆寺也有兩個，北京的太仆寺管理直隸、河南、山東等地的馬政，南京太仆寺位于除州，管理南直隸的馬政。
按照制度，太仆寺就是一個專門為朝廷提供馬匹的機構，實際上并不具備財政管理職能。
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